Immer wieder wird Soja mit negativen Wirkungen auf die Schilddrüsenfunktion in Zusammenhang gebracht, besonders bei Patienten mit einer subklinischen Schilddrüsenunterfunktion. Bedenken lösten unter anderem Beobachtungen aus Tier- und Zellstudien aus. Darin konnten die Sojaisoflavone Genistein und Daidzein ein bestimmtes Enzym in der Schilddrüse blockieren, das für die Synthese von Schilddrüsenhormonen nötig ist. Da dieser Effekt aber so gering ist und klinisch noch nicht relevant, besteht bei gesunden Menschen mit ausreichender Jodversorgung kein Gesundheitsrisiko. Aus präventiver Sicht wird Risikogruppen, das heißt, Personen mit unzureichender Jodversorgung, latenter Hypothyreose und genetisch bedingter Schilddrüsenfehlfunktion – davon abgeraten, hochdosierte Isoflavon-Präparate einzunehmen. Der Konsum von Sojalebensmitteln in den üblichen Mengen gilt jedoch als sicher.
