Aktuell zählen 164 Kreise in Deutschland zu den FSME-Risikogebieten. Dazu gehören große Teile Bayerns, Baden-Württembergs, Teile Südhessens, Sachsens und Thüringens, einzelne Risikogebiete in Mittelhessen, im Saarland, in Rheinland-Pfalz und in Niedersachsen. Seit 2020 sind auch die Landkreise Schmalkalden-Meiningen in Thüringen und Meißen in Sachsen sowie der Stadtkreis Dresden vom RKI als Risikogebiete ausgewiesen. Vereinzelt treten jedoch auch in Bundesländern ohne FSME-Risikogebiete FSME-Erkrankungen auf (sogenannte autochthone Fälle).
