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Probiotika können das vaginale Mikrobiom wieder ins Gleichgewicht bringen. Nahrungsergänzungsmittel (wie Omni Biotic Flora plus+, Vagisan Biotin-Lacto) enthalten verschiedene nützliche Bakterienstämme, die die Vagina vom Darm aus besiedeln sollen. Mit dem Stuhlgang ausgeschiedene Laktobazillen gelangen dazu über den Damm zur vaginalen Schleimhaut. Arzneimittel zur vaginalen Anwendung können ebenfalls Milchsäurebakterien enthalten (wie Vagisan ProbioFlora Milchsäure-Bakterien, Döderlein Vaginalkapseln) oder direkt die für den optimalen pH-Wert wichtige Milchsäure liefern (wie Vagiflor Vaginalzäpfchen, Lactofem Milchsäure Vaginalzäpfchen oder KadeFungin Milchsäurekur). Die intravaginale Anwendung von Milchsäurebakterien konnte in Studien einer erneuten Scheideninfektion vorbeugen.
US-Amerikanische Forscher führten beispielsweise von 2016 bis 2019 eine randomisierte, doppelblinde, placebokontrollierte Phase-2b-Studie mit 228 Frauen durch, um zu untersuchen, ob Lactobacillus Crispatus CTV-05 (Lactin-V) das Wiederauftreten einer bakteriellen Vaginose verhindern kann. Nach zwölf Wochen war die Rezidiv-Inzidenz signifikant geringer in der Lactin-V-Gruppe als unter Placebo.
Bei Frauen mit einer bakteriellen Vaginose, die auf Antibiotika mit starken Nebenwirkungen reagieren oder bei denen diese kontraindiziert sind, kann alternativ eine Therapie mit Probiotika probiert werden. Die Behandlung einer Vaginose mit probiotischen Präparaten anstelle Antibiotika ist allerdings weniger gut untersucht.
In einigen Studien wurden Probiotika in Kombination mit Antibiotika getestet, um eine Scheideninfektion zu behandeln. So publizierte 2014 eine aus China stammende Forschergruppe die Ergebnisse einer Metanalyse, die zwölf randomisierte kontrollierte Studien mit 1304 Patientinnen einschloss. Es zeigte sich, dass eine Probiotika-Supplementierung die Heilungsrate einer bakteriellen Vaginose signifikant verbessern konnte. Die Evidenz für die positive Wirkung war jedoch laut Autoren wegen Limitationen wie der Heterogenität der Studiendesigns begrenzt.