Patientinnen mit zyklusabhängiger Migräne können dieselben Schmerzmittel einnehmen wie sie bei hormonunabhängiger Migräne üblich sind. Da die Attacken in der Regel besonders lange andauern, empfiehlt die Kieler Schmerzklinik, langwirksame Präparate wie Naproxen, Naratriptan oder Frovatriptan. Ist das Ansprechen auf diese Therapie unzureichend, kann in ärztlicher Absprache eine sogenannte Kurzzeitprophylaxe durchgeführt werden. Hier nehmen die Patientinnen zwei Tage vor der erwarteten Migräneattacke Naproxen oder Triptane für fünf bis sieben Tage ein.