Selbst am Ende ihres Lebens belasten industriell gehaltene Tiere noch einmal die Umwelt. Im Jahr 2020 untersuchte die Umweltorganisation Greenpeace gemeinsam mit der Universität Greifswald die Abwässer aus sieben Schlachthöfen in Niedersachsen, Nordrhein-Westfalen und Thüringen. Sechs der Betriebe (darunter die Großunternehmen Tönnies und Wiesenhof) leiteten ihre Abwässer nach betriebsinterner Reinigung direkt in Flüsse ein, einer über die kommunale Kläranlage. In allen Fällen zeigten Vergleiche mit flussaufwärts entnommenen Proben eine deutliche Belastung mit antibiotikaresistenten Bakterien, vor allem Escherichia coli und Klebsiella. Die Bakterien waren zum Teil gegen mehrere Wirkstoffe resistent, auch gegen das Reserve-Antibiotikum Colistin. Die Vermutung liegt nahe, dass nicht nur Antibiotika, sondern sämtliche den Tieren verabreichten Arzneimittel mit den Abwässern der Schlachtbetriebe in die Umwelt gelangen. Eine separate Untersuchung von Greenpeace aus dem Jahr 2021 hat zudem gezeigt, dass auch das konventionell erzeugte Fleisch selbst teilweise mit resistenten Keimen belastet ist.
